Para entendermos corretamente a Bíblia, precisamos levar em conta o contexto histórico e cultural em que foi escrita.
A frase em Mateus 12:40 deve ser interpretada conforme o seu significado naquele tempo, ou seja: apenas três dias no calendário.
Os judeus usavam o chamado cálculo inclusivo, na contagem do tempo.
Segundo essa maneira de contar a passagem do tempo, o dia inicial era o "primeiro dia", ainda que dele só restassem algumas horas; o dia imediato era o "segundo"; e as primeiras horas do dia seguinte a esses já eram consideradas "terceiro dia".
Assim sendo, mesmo que Jesus tenha sido sepultado na tarde da sexta-feira e ressuscitado nas primeiras horas da manhã do domingo, considerando-se o cálculo inclusivo, não há contradição entre o que é afirmado e o que aconteceu.
FONTE: http://www.novotempo.org.br/radio/interno.asp?ARS=vocepergunta_perguntasok&VCP_Codigo=00000971